Las comisiones técnicas de COHIFe están conformadas para trabajar y articular temáticas específicas y transversales a los recursos hídricos. Actualmente se cuenta con 14 comisiones:

• Comisión de Agua y Ambiente
• Comisión de Agua, Educación y Cultura
• Comisión de Agua y Juventud
• Comisión de Agua y Producción
• Comisión de Agua y Saneamiento
• Comisión de Aguas Subterráneas 
• Comisión de Calidad y Cantidad de Agua 
• Comisión de Emergencia Hídrica 
• Comisión de Género y Agua 
• Comisión de Gobernanza
• Comisión de Legislación
• Comisión de Línea de Ribera y Ordenamiento Territorial
• Comisión de Mapa de Cuencas Interjurisdiccionales 
• Comisión SINARAME